开源项目雷达

主流 DSL 流程引擎，适合 HPC/云端批量流程构建与复现。

规则驱动流程管理，适合模块化和可追溯分析任务。

nf-core 标准模块库，可快速组装生产级流程。

一体化 FASTQ 预处理，包含质控、接头去除、过滤和报告。

聚合多工具质控结果，生成统一报告，适合批量样本管理。

RNA-seq 常用剪接比对器，适合高通量表达分析流程。

长读长和转录本比对核心工具，速度与精度平衡优秀。

BAM/CRAM 常规处理核心工具链，几乎所有流程都会用到。

转录本层面定量工具，支持选择性比对，速度快。

伪比对定量经典工具，适合快速表达估计。

图索引比对器，常用于 RNA-seq 和基因组比对场景。

VCF/BCF 过滤、统计、注释前处理的核心组件。

广泛应用的变异检测工具套件，支持 germline/somatic 流程。

BAM 质量度量与重复标记常用工具，常和 GATK 搭配。

成熟 RNA-seq 流程，集成质控、比对、定量和下游统计。

R 生态单细胞分析核心框架，支持整合、注释、可视化。

Python 单细胞分析主流框架，适合大规模细胞数据。

深度概率模型单细胞/空间组学工具箱，适合高级建模场景。

宏基因组分类高频工具，适合快速物种注释。

微生物群落组成分析工具，常用于 shotgun 数据 profile。

宏基因组功能通路分析工具，常与 MetaPhlAn 联用。

图基因组分析核心项目，支持 graph-based variant analysis。

多基因组比对工具，常用于构建大规模对齐和图结构。

泛基因组图构建工具，适合多样本图构建与比较。

蛋白结构预测标志性项目，适合结构推断与功能线索挖掘。

高性能序列搜索与聚类套件，常用于大规模同源检索。

分子结构可视化经典工具，适合结构展示与交互式分析。